На сколько выше цена за обработку грузов у складских комплексов принимающих товары клиентов по д/ж?

Незначительно выше, особенно если вы используете ж\д. Автотранспортом немного выше чем ж\д , но всё же, цена возрастает на незаметные глазу велечины.
Про логистические комплексы:
опять же не намного. 

Про регионы:
Цена зависит от региона. Точных данных я не дам, но скажу, что разбежка в деньгах небольшая.

В целом все, что касается ж/д транспорта - это намного дешевле. Переплаты не будут столь велики чем заниматься самостоятельной организацией всего процесса. Но учтите, что в данном случае именно Вы должны осуществлять детальный контроль, так как в противном случае могут возникнуть проблемы. Система работает, но она не доскональна.

Ж/д транспортом будет естественно дешевле. Что касается логистических комплексов - цена не намного выше. Как было сказано ранее, что система работает, но она не доскональна, я соглашусь. По истечении времени всегда найдутся огрехи в работе.

Цены могут быть не обязательно выше, чем на другом транспорте. В зависимости от региона может быть даже и равной затратам автомобильных перевозок.

В любом случае - есть некая себестоимость работ, которую Вы в практике быстро определите - вот Вам и отправная точка для тарифов.

Никогда не предугадаешь стоимость грузоперевозок хоть железной дорогой, хоть автотранспортом. Лично мне не встречались одни и те же услуги по установленной цене и поэтому приходится быть готовым к любым расценкам.