Приказом №2239 от 19 ноября 2014 года, подписанным первым заместителем руководителя ФТС генерал-полковником таможенной службы Владимиром Малининым ЗАО «РОСТЭК - Таможенный брокер" исключено из реестра таможенных представителей на основании отсутствия у ЗАО "РОСТЭК - Таможенный брокер» договора страхования риска своей гражданской ответственности, "которая может наступить вследствие причинения вреда имуществу представляемых лиц или нарушения договоров с этими лицами...". Через 15 дней со дня издания приказа ФТС перестанет осуществлять таможенные операции с товарами и транспортными средствами, предъявляемыми ЗАО "РОСТЭК-Таможенный брокер".
ФГУП РОСТЭК было решено отстранить от таможенной деятельности из-за многочисленных и жалоб предпринимателей в мае 2012 года по итогам заседания наблюдательного совета Агентства стратегических инициатив.
В мае 2012 года президент Владимир Путин подписал закон, запрещающий заниматься деятельностью в сфере таможенного дела организациям относящимся к ФТС.
