Более 10% населения РФ в осенне-весенние периоды остаются без транспортной связи с "большой землей".
На втором этапе инновационность будет проявляться в строительстве глубокого обхода Московского железнодорожного узла, обхода Пермского железнодорожного узла, строительстве сплошных вторых путей Тында – Комсомольск-на-Амуре, создании транспортного направления из Урала в порты северных морей и в реализации ряда других проектов.
В ТС большое количество железнодорожных проектов, таких как, например, расширение полигона обращения тяжеловесных поездов на 13,2 тыс. направлений Коноша – Чум – Лабытнанги и др. Мероприятия по развитию направлений Ярославль - Рыбинск - Сонково, Байкало-Амурская магистраль, Биробиджан – Ленинск и др. Строительство новых железнодорожных линий для освоения месторождений, например, Якутск – Кангалассы, Курагино - Кызыл и проч.
- строительство центральной кольцевой автомобильной дороги ЦКАД (Московская обл.),
- реконструкция участков автодороги М-11 «Нарва»,
- строительство новой автодороги Углич – Переславль - Залесский – Владимир,
- строительство федеральной автодороги «Восток» Хабаровск -Находка и др.
- строительство участков Восточного обхода Новосибирска,
- строительство участков автомобильной дороги Владивосток – Находка – порт Восточный,
- строительство и реконструкция автодороги Хабаровск – Владивосток.
Также в плане ТС представлена реконструкция контейнерного терминала в порту Санкт-Петербург, Усть-Луга; развитие терминалов Тамани, Темрюка, Кавказа, Новороссийска, Геленджик, Оля, Азов. Владивосток, Холмск.
Одно из перспективных направлений развития транспортной системы РФ - транзитный коридор Западная Европа - Западный Китай.