Распространена версия, согласно которой одной из причин увольнения Якунина были завышенные требования РЖД к государству, в плане роста субсидирования, повышения тарифов. Так ли это, точно неизвестно. Однако, грузовладельцы, в том числе очень крупные, выражали недовольство ростом тарифов. Так, в "Русале" заявляли, что за последние десять лет доля транспортных расходов в себестоимости продукции выросла до 17%, привлекательны стали речные и автоперевозки и на расстояние свыше 2,5 тыс. км, хотя грузы «Русала» традиционно транспортировались железной дорогой.